18/01 - Clémence Frioux (PLEIADE) : Modélisation discrète du métabolisme, des organismes individuels aux écosystèmes microbiens
In this seminar, Clémence FRIOUX from the INRIA research team PLEIADE will present her work on Discrete modeling of metabolism, from individual organisms to microbial ecosystems at the Computational Biology and Bioinformatics Lab in Bordeaux
Clémence Frioux
Title: Modélisation discrète du métabolisme : des organismes individuels aux écosystèmes microbiens
Venue & Location: Centre de Génomique Fonctionnelle (salle des conférences, 1ème étage)
Date: TUESDAY 18 JANUARY 2022, 14h
Zoom link: NA
Les réseaux métaboliques à l'échelle du génome rassemblent le potentiel fonctionnel associé au génome d'un organisme. Combinés à des modélisations mathématiques, ils permettent de prédire la réponse métabolique d'une espèce dans son environnement. Il y a eu de nombreux développements d'outils et de logiciels dédiés à la reconstruction et à l'analyse de tels modèles. L'objectif de cet exposé est la modélisation discrète de la productibilité métabolique à l'aide d'une approche booléenne, et ses applications.
J'illustrerai comment une telle approche complète les méthodes quantitatives en fournissant des informations sur le métabolisme des organismes, même à partir de réseaux métaboliques automatiquement reconstruits. Je montrerai comment de telles approches peuvent s'étendre à de grandes communautés d'organismes et tirer parti des données métagénomiques afin de cribler le potentiel métabolique du microbiote et d'identifier les membres clés parmi eux.
